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Erst am 27. Oktober 1970 wurde gegen Bruno Beger und gegen Hans Fleischhacker vor dem Frankfurter Landgericht der Prozess wegen Beihilfe zum Mord in 115 Fällen eröffnet. Beger musste sich auch als Miturheber des Tötungsplans verantworten. Mit auf der Anklagebank saß Wolf-Dietrich Wolff, Referent von Wolfram Sievers in der Geschäftsstelle des »Ahnenerbes«.
Hans Fleischhacker war (wie sein Kollege >Bruno Beger) 1948 von einer Spruchkammer als “Mitläufer” eingestuft worden. Er war, wie auch andere Mitglieder des Lehrkörpers, am 25. Oktober 1945 auf Befehl der französischen Militärregierung “mit sofortiger Wirkung” aus dem Dienst der Universität Tübingen entlassen worden. Zu dieser Zeit befand er sich in amerikanischer Gefangenschaft, zunächst in Karlsbad, dann in Langwasser bei Nürnberg. Schließlich saß er von Dezember 1947 an im französischen Internierungslager Balingen unweit von Tübingen ein. Im März 1948 wurde er in einem “Außendienstkommando” des Lagers beim Landessuchdienst für Kriegsgefangene und Vermisste eingesetzt, einer Dienststelle des Innenministeriums Südwürttemberg-Hohenzollern in Tübingen. Nach seiner Entlassung aus dem Internierungslager blieb Fleischhacker Regierungsangestellter, avancierte zum Abteilungsleiter der Dienststelle und war auch wieder als erbbiologischer Gutachter bei Gerichten zugelassen. Anstelle des ebenfalls suspendierten Wilhelm Gieseler hatte Günther Just, Ordinarius und kommissarischer Leiter des Tübinger Anthropologischen Instituts, 1949 Fleischhackers Wiedereinstellung bei der Universität beantragt: “Die wissenschaftlichen Veröffentlichungen des Betroffenen sind rein fachlicher Natur und haben zur nationalsozialistischen Doktrin keine ersichtlichen Beziehungen.” Offenbar sah man Fleischhackers Tätigkeit von Juni 1941 bis Oktober 1942 als Abteilungsleiter an der “Außenstelle Litzmannstadt des Rasse- und Siedlungshauptamtes” ebenfalls als “rein fachlicher Natur”. Vielleicht, weil er dort Material für seine wissenschaftliche Forschungen sammelte: Fleischhacker habilitierte sich mit einer Arbeit über die Fingerabdrücke von Juden, die er im Ghetto Litzmannstadt - so bezeichneten die Nazis das polnische Lodz - genommen hatte.
Zu seinen Aufgaben in Litzmannstadt hatte auch die Schulung von Rassegutachtern gehört, die “bei der Eindeutschung von Polen” beschäftigt waren. Im November 1950 konnte der Anthropologe seinen wissenschaftlichen Weg an der Frankfurter Universität fortsetzen, war von 1956 bis 1959 Gastforscher an der Universität von El Salvador, von Januar 1960 bis Oktober 1961 wieder Assistent am Tübinger Anthropologischen Institut, fortan Privatdozent am Anthropologischen Institut der Universität Frankfurt, wo er im Mai 1968 wegen des Strafverfahrens vorübergehend vom Dienst suspendiert wurde und nach seinem Freispruch schließlich noch als Professor lehrte. Die Anklage gegen ihn hatten die Frankfurter Richter von dem laufenden Strafverfahren abgetrennt und ihn im März 1971 vom Vorwurf der Beihilfe zum Mord freigesprochen. Das Richterkollegium hatte ihm die Behauptung abgenommen, dass er von den finalen Folgen seiner anthropologischen Messungen in Auschwitz nichts gewusst habe. Er wie Beger hatten letztlich glaubhaft vorbringen können, ihre Messungen hätten einzig dem Zweck gedient, wissenschaftliche Methoden untereinander abzugleichen, da man unterschiedlichen Schulen entstammte und im »Kommando K« einen gemeinsamen Einsatz als Anthropologen vor sich hatte.
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